Bem Gastão, vou tentar responder às questões que me pões, embora concerteza ainda faça levantar mais dúvidas.

Começo com um intróito.
A antiga gramática dos estilos, hoje, já está ultrapassada, ou pelo menos tende a ser desvalorizada. Fala-se hoje mais em atitudes do que em estilos. Sobretudo começamos a admitir mais a ideia de séries, de modelos que se vão repetindo até que a repetição está tão desajustada que inicia uma nova série (a ideia de quem conta um conto, acrescenta um ponto pode aqui aplicar-se). É claro que continuamos a utilizar os termos antigos, até por uma questão de referência. Repara no exemplo que vem da pintura – o impressionismo mais não é do que um naturalismo francês levado às últimas consequências, em contrapartida, este impressionismo levado para outros caminhos envereda pelo fauvismo, pelo expressionismo, inclusivamente pelo cubismo (com Cézanne), etc.
Por outro lado, à medida que nos aproximamos de uma sociedade mais aberta, mais cosmopolita, as estruturas de imitação tornam-se mais subtis, permitem formas de exploração muito mais eclécticas, por vezes pessoais, a própria natureza da economia da arte se modifica e permite essas ultrapassagens.

Passando às tuas dúvidas, que se calhar são as minhas.
Em primeiro lugar o Barroco. Normalmente considera-se um movimento estético entre 1600 e 1750, centralizado em Itália, partindo de um modelo de classicismo, adoptado pelo maneirismo em que a atitude clássica é moldada de uma maneira mais orgânica, por vezes anticlássica, pese embora a aparente contradição. Procura-se a teatralidade, o cenário, a opulência...
Pessoalmente não admito um barroco jesuítico, admito, isso sim, uma arquitectura que compreende as necessidades jesuíticas, ou melhor, da contra-reforma e que perpassa pelo maneirismo e pelo barroco. O Rocaille, por sua vez, já algum tempo que foi desligado da atitude barroca, visto ser, assumidamente, um anti-classicismo.
No que diz respeito aos edifícios que referes, o Palácio de Queluz é um palácio com uma construção muito lenta. Os primeiros edifícios são assumidamente rocaille, ainda que, com laivos de barroco, os últimos serão já neo-clássicos. Mas o neo-classicismo é um caso à parte neste panorama, uma vez que parte de uma adopção do classicismo romano, muitas vezes sem perceber o espaço. Ou seja, com as devidas excepções (e quase todas elas em França (com Leloux, por exemplo), o neoclassicismo é uma arquitectura de fachada, pelo que o interior é obrigado a formatar-se num espaço mais moderno, já próximo de um funcionalismo burguês ou a utilizar situações anteriores (rocailles, por exemplo). Por outro lado, não nos podemos esquecer que Portugal está fora dos circuitos de génese destes movimentos (França e Itália) e por isso a nossa emulação (é a tal questão das séries) é feita a partir de modelos desviantes. S. Carlos pode caber nessa situação.
Quanto ao neo-classicismo, fora o rocaille, todos os movimentos estéticos até ao século XIX são classicismos. Em qualquer momento nós podemos encontrar referências clássicas que nos remetem para essa situação. Realmente o movimento neo-clássico de finais do séc. XVIII, inícios do XIX é curto, mas não nos podemos confundir com referências clássicas anteriores.
Relativamente à última questão, a arquitectura doméstica portuguesa é um caso à parte. Por um lado, muitos desses palácios utilizam referências da arquitectura chã. Por outro são casos de construção continuada o que implica um cuidado arqueológico muito grande, para perceber os vários momentos do edifício. Aí cada caso é um caso e o que podemos fazer é organizar uns passeios e vermos umas coisas.
Até que era uma boa ideia...
Um grande abraço